Under 1999 var vi sysselsatta på S/Y Amorina i Grekland, och renoveringen av Merceditas kom därför inte igång förrän i december.
Merceditas placerades i segelfartygsdockan på Beckholmen i Stockholm för vinterindockning. Väl inne i dockan revs hela inredningen ut och vi kunde då konstatera fartygets verkliga kondition. Skrovet var hårt angripet av rost från insidan och stora delar av skrovplåten samt delar av köl, spant samt tanktak fick bytas.
Under sommaren spacklade vi om skrovet och däckshuset. Det visade sig vara den mest krävande delen av renoveringen. Under tre månader lade vi på omkring 900 liter handblandat epoxispackel för hand.
Under tiden som skrovet reparerades, påbörjade vi renoveringen av däckshuset som är byggt i aluminium. Samtliga fönster monterades ur och dålig aluminium byttes ut, liksom alla de 900 nitar som förband däckshuset med däcket. När plåtarbetet på Merceditas var färdigt i januari 2000, blästrade vi skrovet både invändigt och utvändigt. Fyra lager epoxifärg sprutades på för att hålla rosten borta åtminstone i 15 år.
Väl ute ur Beckholmsdockan i slutet av juli 2000 flyttades fartyget in till Djurgårdsvarvet. Där byggde vi en helt ny teakinredning.
Under våren lackade Karen hela teakinredningen med sex lager fernissa. En stor del av alla detaljer som var i dåligt skick kromades om.
Efter detta renoverade vi de båda huvudmaskinerna. En maskin var i så dåligt skick att den måste lyftas ur fartyget för att helt byggas om hos Maskinservice i Gävle. Ett nytt elverk på 16 kW och 380 V installerades, och rör- och elsystemen byttes.
I april 2001 var renoveringen klar och Sjöfartsverket utförde sin slutbesiktning. Efter att ha varit fritidsfartyg under sju år fick hon nu tillbaka sitt passagerarcertifikat för 32 personer plus besättning.
Den 28 maj 2001 körde vi vår första charter med nya Merceditas.
Renoveringen tog sammanlagt cirka 14 000 timmar.